操作流程：
一、医疗垃圾采用人工将垃圾送入炉膛内，当垃圾填入炉膛容积的80%时，把炉门手动关闭。
二、水泵电机启动，看到循环水池出水时尾部引风机启动低速运转，二燃室燃烧机和鼓风机同时启动，温度逐渐上升，达到350℃时，一次燃烧机启动点燃垃圾，温度迅速上升，达到850℃时，垃圾进入正常气化焚烧阶段，高温混合烟气进入二燃室进行二次燃烧，温度达到1100℃左右。烟气在炉内停留时间2秒以上，杀灭病菌，消除烟气中的重金属物体。
三、充分燃烧后的高温烟气（700℃左右），向后推移，进入冷热换热器可以通过换热器的中隔板和圆管使冷热流体完全分开降低烟气温度，圆管内通烟气，外面是循环水箱降温，烟气通过层层圆管后向后流动，在运行过程中单根热管因为磨损、腐蚀、超温等原因发 生破坏时基本不影响换热器运行。热管换热器用于易然、易爆、腐蚀性强的流体换热场合具有很高的可靠性。对于含尘量较高的流体，热管换热器可以通过结构的变化、扩展受热面等形式解决换热器的磨损和堵灰问题。通过换热器降温后的烟气进入独立除酸塔。
四、烟气进入独立除酸塔此处喷入的碱液或者回用水与烟气充分混合，烟气温度急速下降至200℃左右，清除烟气中的氯化物、氟化物、硫化物、氮氧化物、二恶英等有害物质。烟气通过S弯道继续后移，进入独立旋风除尘器当含尘气体由进气口以12～20米／秒的速度切向进入外筒后，形成旋转运动，由于内外筒体及顶盖的限制，气流在期间形成一股自上而下的外旋流(它属于准自由涡)，旋转过程中固体颗粒由于惯性力大部分被甩向筒壁失去能量沿壁滑下，经锥体下口入贮灰斗，最后由排灰阀排出。旋转下降的外旋气流在圆锥部分随圆锥的收缩而向收尘器中心靠拢，旋转气流进入排气管半径范围附近便开始上升，形成一股自下而上的内旋流，也称核心流(它属于强制涡),在正常情况下，旋风分离器能够捕集5μm以上的粒体，分离效果可以达到90%以上。最后经排气管排出进入活性炭吸附装置。
五、当烟气气体由引风机提供动力进入活性炭吸附塔后，正压或负压进入塔体，由于活性炭固体表面上存在着未平衡和未饱和的分子引力或化学健力，因此当此固体表面与气体接触时，就能吸引气体分子，使其浓聚并保持在固体表面，污染物质及气味从而被吸附，废气经活性炭吸附塔后，进入设备布袋除尘器。此时烟气温度大约在80-100度左右。
六、进入布袋除尘器的烟尘气体由导流管进入各单元灰斗，在灰斗导流系统的引导下大颗粒粉尘分离后直接落入灰斗，其余粉尘随气流进入中箱体过滤区，过滤后的清净气体透过滤袋，经上箱体、提升阀、排风管排出。随着过滤的进行，当滤袋表面粉尘聚集达到一定量时，由清灰控制装置按设定的程序关闭提升阀，打开电磁脉冲阀喷吹，抖落滤袋上的粉尘，落入灰斗经卸灰阀排出。过滤后达标气体在引风机的作用下通过烟囱排放。
七、文字叙述如果有不明之处，以实际设备操作为主。